L'inexécution du dépôt des comptes annuels et des documents connexes au greffe est punie d'une amende de 1 500 euros,  et de 3 000 euros en cas de récidive.

Bon à savoir : en cas de défaut de régularisation du dépôt des comptes annuels et des documents connexes par la société dans les meilleurs délais, suite à relance du greffier dont il aurait connaissance, le(s) commissaire(s) aux comptes de la société, s'il y en a, a (ont) l'obligation (par application de leur mission de révélation des faits délictueux) de signaler ce manquement au procureur de la République.

Le délai de prescription de l'infraction pénale, autrement dit, le délai pour poursuivre la société et/ou son dirigeant devant le juge pénal, est d'un an à compter de la date à laquelle les comptes auraient dû être déposés au plus tard.

En cas d'inexécution du dépôt des comptes annuels et des documents connexes et à la demande de tout intéressé ou du ministère public ou encore, de sa propre initiative, le président du tribunal, statuant par ordonnance de référé, peut enjoindre sous astreinte (c'est-à-dire avec ordre de payer au Trésor public une somme d'argent par jour de retard) au dirigeant de la société concernée de procéder, dans le mois suivant la notification de l'ordonnance, au dépôt des comptes au Registre du Commerce et des Sociétés.

Le président peut, dans les mêmes conditions et à cette même fin, désigner un mandataire chargé d'effectuer ces formalités.

En pratique, l'injonction est prononcée si la société n'a pas régularisé le dépôt des comptes dans le délai d'un mois à compter de la mise en demeure qui lui a été préalablement adressée par le greffier.

En cas d'absence de réaction, le président constate le non-dépôt des comptes annuels et des documents connexes et statue sur la liquidation de l'astreinte.

Par ailleurs, toute personne qui y a intérêt (c'est-à-dire qui démontre avoir subi un préjudice) peut tenter d'agir en justice, dans le cadre d'une action au « fond », aux fins de mise en cause de la responsabilité de la société et/ou de son dirigeant (dans ce cas, par exemple, pour faute de gestion) et de leur condamnation à des dommages-intérêts.

Une injonction de dépôt des comptes restée infructueuse expose la société à une enquête du président du tribunal sur sa situation économique et financière. C'est ainsi que le président du tribunal peut, à cette fin, nonobstant l'objection éventuelle de tout secret professionnel, interroger le(s) commissaire(s) aux comptes, les membres et représentants du personnel, les administrations publiques, les organismes de sécurité et de prévoyance sociales ainsi que les services chargés de la centralisation des risques bancaires et des incidents de paiement.

Au vu des résultats de ses investigations, le président, pris dans le cadre de sa mission notamment de détection et de prévention des difficultés des entreprises, peut décider, principalement :

- dans le cas où il estime que la société éprouve des difficultés de nature à compromettre la continuité de son exploitation, de mettre en œuvre une procédure d'alerte en convoquant le dirigeant aux fins d'envisager des mesures propres à redresser la situation de la société ;

- dans le cas où la société est en cessation des paiements, d'ouvrir une procédure de liquidation judiciaire.