Les comptes annuels et leurs documents connexes doivent être déposés auprès du service du RCS (Registre du Commerce et des Sociétés) tenu par le greffe du Tribunal du commerce (ou, selon le cas, du greffe du tribunal d'instance ou de grande instance pour les entreprises situées dans les départements du Haut-Rhin, Bas-Rhin et Moselle) où est immatriculée la société, autrement dit, auprès du greffe dans le ressort duquel la société a son siège social.
Lorsqu'une société détient plusieurs établissements, ses comptes annuels et les documents connexes doivent être déposés auprès du seul greffe dans le ressort duquel se trouve son siège social.
Dans le cas d'un groupe de sociétés juridiquement indépendantes, chacune d'entre elles doit déposer ses comptes annuels et les documents connexes auprès du greffe du ressort de son siège social.
Dans le cas des sociétés commerciales dont le siège est situé à l'étranger et qui ont plusieurs établissements (succursales) en France ne relevant pas du greffe du même tribunal, celles-ci peuvent déposer leurs documents indifféremment auprès de l'un des greffes dont relève l'un de leurs établissements.

Les comptes annuels et leurs documents connexes doivent être communiqués au greffe en un unique exemplaire. Ils doivent être lisibles et permettre notamment l'identification de la société. C'est pourquoi ils doivent mentionner la forme juridique de celle-ci, sa dénomination sociale, son siège social et son numéro RCS avec l'indication de la ville du greffe d'immatriculation.

Par ailleurs, les documents peuvent être déposés en original ou en copie. Dans ce dernier cas, ils doivent porter, pour chacun d'entre eux, en première page, la mention « Pour copie certifiée conforme à l'original », suivie de la signature du représentant légal de la société ou de toute personne légalement habilitée à cet effet.

S'agissant spécialement des comptes annuels (bilan, compte de résultat et annexe), ces documents peuvent être communiqués au greffe sous l'une ou l'autre forme suivante :

• soit sous la forme de liasse fiscale annuelle : ce document comprend l'ensemble des imprimés fiscaux renseignés par la société et qui doit être remis à l'administration fiscale chaque année pour déterminer le montant de son résultat fiscal, et, selon le cas, son impôt sur le revenu ou sur les sociétés. La liasse comprend deux séries d'éléments : la déclaration de résultat qui varie en fonction du régime d'imposition (Impôt sur les sociétés ou Impôt sur le revenu) ; les tableaux justifiant la déclaration de résultat (principalement sur le bilan, le compte de résultat, l'état des immobilisations, la détermination du résultat fiscal  et les éléments hors-bilan tel que la composition du capital social). Cependant, afin que le dépôt des comptes réalisé sous cette forme soit complet, les sociétés doivent veiller à joindre l'annexe comptable à la liasse fiscale car celle-ci en est dépourvue ;
  Bon à savoir : la production de la liasse fiscale (au minimum en deux exemplaires) permet donc à l'entreprise de satisfaire à la fois à ses obligations fiscales déclaratives de résultat et à ses obligations de dépôt des comptes annuels au greffe. 

• soit sous toute autre forme, pourvu que les comptes annuels soient exactement ceux qui ont été présentés (sous les conditions prévues par le Code de commerce et le Plan comptable général) pour approbation, selon le cas, à l'assemblée ou à l'associé unique de la société et qu'ils n'aient donc pas fait l'objet de contraction de rubriques.
  Bon à savoir : dès lors que l'assemblée générale ordinaire ou l'organe normalement compétent leur en donne l'autorisation, le (les) commissaire(s) aux comptes peut (peuvent) adresser directement au greffe du tribunal, leurs rapports et les documents qui y sont joints, dont les comptes annuels.

Enfin, la communication au greffe des documents peut intervenir selon l'une ou l'autre des trois façons suivantes :
- soit par voie électronique, sur le site d'Infogreffe (rubrique Dépôt des comptes annuels);
- soit sur place, au greffe, contre remise d'un récépissé de dépôt ;
- soit par courrier postal, en recommandé avec avis de réception .

Plusieurs personnes, à des titres divers et par des moyens distincts, peuvent veiller au respect de l'accomplissement du dépôt des comptes annuels et des documents connexes, à savoir :

Le greffier : si un seul des documents requis n'est pas produit, le greffier rejette le dépôt. En revanche, son contrôle ne s'étend pas au contenu des pièces ni à l'observation des délais du dépôt par la société, si ce n'est par l'envoi de relances.

Par ailleurs, en cas de défaut de dépôt de comptes annuels et des documents connexes et après relances infructueuses de la société par le greffier, ce dernier est tenu d'en informer le président du tribunal afin de lui permettre de lancer notamment une procédure d'injonction d'accomplir la formalité de dépôt.

Le président du tribunal : lorsque les dirigeants de sociétés commerciales n'ont pas procédé au dépôt des comptes annuels et des documents connexes dans les délais légalement requis, le président du tribunal, qui en est informé par le greffier, peut, de sa propre initiative, leur adresser une injonction de le faire à bref délai sous astreinte (c'est-à-dire avec ordre de payer au Trésor public une somme d'argent par jour de retard).

Le(s) commissaire(s) aux comptes : en cas de défaut de régularisation du dépôt des comptes annuels et des documents connexes par la société dans les meilleurs délais et après relance du greffier dont il aurait connaissance, le(s) commissaire(s) aux comptes de la société, s'il y en a, a (ont) l'obligation de signaler ce manquement :
- à l'organe exécutif de la société (par exemple, le conseil d'administration ou le directoire, le dirigeant) et à la plus prochaine assemblée ;
- au procureur de la République (ce, par application de la mission de révélation des faits délictueux incombant aux commissaires aux comptes).

Toute personne susceptible d'être intéressée par les comptes annuels et les documents connexes d'une société (par exemple : des créanciers, banques, fournisseurs, clients, administrations…) peut, lorsque celle-ci n'a pas satisfait à sa demande de régulariser le dépôt desdits comptes et documents, l'assigner en référé aux fins de lui faire enjoindre sous astreinte par le tribunal :
- soit de déposer ses comptes annuels et ses documents connexes ;
- soit de désigner un mandataire chargé de mener à bien cette formalité.

Le procureur de la République peut, dans le même cas de manquement de la société que celui ci-dessus, solliciter du président les mêmes mesures que celles évoquées précédemment.

Les tarifs ci-dessous comprennent les émoluments du greffe, la publication au BODACC (Bulletin officiel des annonces civiles et commerciales) et la transmission des informations à l'Institut national de la propriété industrielle (INPI).